на сервере запущены несколько докер контейнеров, поним что нам нужен тот у которого в имени "сайт"

docker ps | grep name_your_container_chto_to_pro_syte

берешь его id, если нужно запустить в нем консоль руби:

docker exec -it 39126927e01e bin/rails c 

если нужно зайти и что то сделать в нем

docker exec -it 39126927e01e /bin/sh

из докер контейнера копируем файл на хост

docker cp 39126927e01e:/tmp/myfile.csv /home/mydir

и на свой локальный хост если есть доступ по ssh можно скачать файл в корень своего компа

  scp myname(тут собака типа @ )app.myhost.ru:/home/mydir/myfile.csv ./

как правило в докер контейнере ограниченный набор команд, поэтому запоминаем

ls, rn, cd, pwd